《火影忍者：究极忍者风暴4》承接上代的剧情，设定了由初代火影千手柱间和宇智波斑的决斗开始，接着横跨到第四次忍界大战。讲述四位火影奔赴战场，宇智波佐助归来，宇智波带土成为十尾人柱力等一直到第四次忍界大战结束，鸣人当上第七代火影而终结的故事。